為毛茛科多年生草本植物黃連Coptis chinensis Franch. 、三角葉黃連C. deltoidea C. Y. Cheng et Hsiao或雲連C. teeta Wall.的根莖。以上三種分別習稱「味連」、「雅連」、「雲連」。味連主產於四川、貴州、湖北、陝西等地，雅連主產於四川，雲連主產雲南、西藏昌都地區。雅連多系栽培，野生種已不多見。四川、雲南黃連產量較大，其中四川東部所產者品質較佳，為川連之遙用正品，雲連功用與川連相同，但效力略遜，秋季採挖5～7年的植株，除去苗葉、鬚根，乾燥。《本草綱目》曰；「黃連，漢末《李當之本草》，惟取蜀郡黃肥而堅者為善，唐時以澧州為勝，今雖吳、蜀皆有，惟以雅州、厝州為良，藥物之興廢不同如此。大抵有二種：一種根粗無毛，有珠，如鷹雞爪形而堅實，色深黃；一種無珠多毛而中虛，黃色稍淡，各有所宜。」但總以條肥壯、連珠形、質堅實、斷面黃、無殘莖及鬚根者為佳。生用或姜炙用，也有酒炙用者。
【性能】
苦，寒。主歸心、肝、胃、大腸經。
【功效】
清熱燥濕，瀉火解毒，除疳安蛔。
【應用】
一、濕熱諸證
黃連大苦大寒，苦能燥濕，寒能清熱，其清熱燥濕之力勝於黃芩且尤其長於清中焦濕火郁結。故臨床可用於治療濕熱中阻，濕熱瀉痢，濕熱瘡毒等濕熱證。
1.濕熱中阻：黃連入胃與大腸經，去中焦濕熱，並具有解毒作用，用治濕熱中阻，氣機不暢，脘腹痞滿、惡心嘔吐，如《傷寒論》半夏瀉心湯，以本品與黃芩、乾姜、半夏等同用。黃連、黃芩苦寒性降洩熱以和陽，半夏和胃消痞，降逆止嘔。
2，濕熱瀉痢：劉完素曰：「古方以黃連為治痢之最，蓋治痢惟宜辛苦寒藥，辛能發散，開通郁結，苦能燥濕，寒能勝熱，使氣宜平而已。諸苦寒藥多洩，惟黃連、黃柏性冷而燥，能降火去晝，而止洩痢，故治痢以之為君。」為治濕熱瀉痢要藥。用治濕熱瀉痢，輕者單用即效；若瀉痢腹痛，里急後熏，如《兵部手集方》昏連丸，以本品與木香同用，有燥濕清熱，行氣化滯的功效。若瀉痢身熱，胸脘煩熱，口乾作渴即外感表證未解，熱邪入裡所致熱痢，如《傷寒論》葛根芩連湯，以本品與葛根、黃芩、甘草同用，有解表清熱止痢作用，芩、連專於清洩胃腸之熱，苦寒燥濕而止下利。若痢疾實證兼下膿血，腹痛，里急後重，而無表證者，如《河間六書》芍藥湯，以本品與當歸、肉桂、白芍、木香、大黃、檳榔等同用，黃連善除脾胃大腸濕熱，故為治療濕熱瀉痢的要藥。現在臨床用黃連治療急性胃腸炎：黃連粉（加白蔻仁2成）口服治療急性胃腸炎100例，成人每日2～3g，每日4～6次，小兒酌減，均獲痙愈〔四川醫學院學報，1959，1：102〕。用小劑量黃連素於大腸俞（雙）穴位注射（每穴0.15ml），每日1次，瀉止後停注。治療小兒秋季腹瀉228例，結果治癒率94.2%，優於抗生素組〔中醫雜誌，1982，（6）：40〕。
3.濕熱瘡毒：黃連苦燥除濕。用治濕濁浸蘊肌膚之濕毒症，多見小腿足踝等處皮膚潮紅，繼起丘疹、水鬼，瘙癢，破後黃水淋灕等。如《中草藥新醫療法資料選編》，以本品與松香、海螵蛸同用，共研細末製成軟膏塗敷患處。
二、火熱病證
黃連為大苦大寒之品，其性清降，有清熱瀉火之功，又入心、肝、胃等經，而尤善清心、胃二經的火熱。故適用於心經實火，胃火上炎，肝火犯胃，血熱妄行等實熱病證。
1.心經實火：黃連入心經，以瀉心經實火見長。用治熱病，熱盛火熾、壯熱、煩躁，甚至神昏譫語等證，如《外台秘要方》黃連解毒湯，以本品與黃芩、梔子等配伍。若心火亢盛、煩躁不眠及迫血妄行所致的吐血、衄血等證，如《傷寒論》黃連阿膠湯，以本品與黃芩、白芍、阿膠等配伍。如《本草新編》說：「黃連入心與胞絡，最瀉火，亦能入肝，大約同引經之藥，俱能人之，而入心尤專任也。」
2.胃火上炎：黃連人胃經，善清胃火，故可用治胃火上炎諸症。用治胃火上攻致牙痛牽引頭腦，面頰發熱，其牙喜冷惡熱，或牙齦出血，或紅腫潰爛，或唇舌頰腫痛，口氣熱臭，舌紅苔黃，脈滑數者，如《脾胃論》清胃散，以本品與當歸、生地黃、丹皮、升麻同用，有清胃涼血之功。用治小兒胃熱吐乳，如《中草藥新醫療法資料選編》以黃連、清半夏各6g。共為細末，分100等份，每日3次，每次1份。
3.肝火犯胃：黃連苦寒，又入肝經，兼清肝火，若肝郁化火橫逆犯胃致脅肋脹痛，嘔吐吞酸，噯氣，口苦咽乾者，如《丹溪心法》左金丸，以本品與吳茱萸同用。正如《黑補名醫方論》所說：「左金丸獨用黃連為主，從實則瀉子之法，以直折其上炎之勢；吳茱萸從類相求，引熱下行，並以辛燥，開其肝郁，……故以為佐。然必木氣實而土不虛者，庶可相宜也。」
4.心腎不交：如《本草新編》曰：「黃連，入心與腦絡，最瀉火，……而入心尤專任也。宜少用而不宜多用，可治實熱而不可治虛熱也。蓋虛火宜補，而實火宜瀉，以黃連瀉火者，正治也，以肉桂治火者，從治也，故黃連、肉桂寒熱實相反，似乎不可並用，而實有並用而成功者，蓋黃連入心，肉桂入腎也。凡入日夜之間，必心腎兩交，而後水火始得既濟，水火兩分，而心腎不交矣。心不交於腎，則日不能寐，腎不交於心，則夜不能寐矣，黃連與肉桂同用，則心腎交於頃刻，又何夢之不安乎」用治心腎不交，怔忡無寐，如《四科簡效方》交泰丸，以本品與肉桂同用，研細，白蜜丸。空心淡鹽湯下。
5.血熱妄行：黃連可用治血熱妄行諸症。如《本草正義》所言；「黃連大苦大寒，苦燥濕，寒勝熱，能洩降一切有餘之濕火，而心、脾、肝、腎之熱，膽、胃、大小腸之火，無不治之。……又苦先入心，清滌血熱，故血家諸病，如吐衄溲血，便血淋濁，痔漏患帶等證，及癰瘍斑疹丹毒，並皆仰給於此。」用治心氣不足，吐血衄血，亦治便血。如《金匱要略》瀉心湯，以本品與大黃、黃芩同用。
6.胃火消渴：黃連善清胃火，用治胃火熾盛，消谷善飢，煩渴多飲的中消證。以本品與天花粉、生地黃等清熱生津藥同用，如崔氏方。用治消渴，如《遷效方》，與冬瓜同用，上羲冬瓜頭去瓤，入黃連末，火中煨之，候黃連熟，布絞取汁服。
三、熱毒病證
黃連清熱燥濕，瀉火解毒，尤善療療毒。用治火盛成毒之發疹發斑，病腫瘡毒，發頤喉痹，熱毒下血，耳目腫痛諸症。
1.癰腫瘡毒：黃連瀉火解毒，用治癰腫瘡毒，如《外科正宗》黃連解毒湯，以本品與黃芩、梔子、逆翹等藥同用。近年來用於敗血症，也有較好效果。外敷治癰疽腫毒，已潰未潰皆可用，如《簡易方論》，以黃連、檳榔等份，為末，以雞子清調搽之。
2.耳目腫痛：正如《圖經本草》所雲：「今醫家洗眼湯，以當歸、芍藥、黃連等分停，細切，以雪水成甜水煎濃汁，乘熱洗，冷即再溫洗，甚益眼目，但是風毒赤目花羈等皆可用之。其雲：凡眼目之病，皆以血脈凝滯使然，故以行血藥合黃連治之，血得熱即行，故乘熱洗之，用者無不效。」用治眼目紅腫，亦可用黃連煎汁，或用人乳浸汁點眼；用治耳道癤腫、耳道沆膚，可用黃連浸汁塗患處，或配枯礬、冰片，研粉外用；用治口舌生瘡，如《肘後備急方》，以黃連煎酒，時捨哩之；近代用治火燙傷，以川連研末，調茶油搽之。
四、疳積蛔蟲
黃連為苦寒之品，又入胃與大腸經，苦能燥濕殺蟲，健胃安蛔，寒能清熱瀉火，如《本草備要》所載「除疳，殺紹。」《藥性論》：「殺小兒疳蟲。」故黃連又有除疳殺繃作用，又可用治疳積、蛔蟲病。
1.疳積：黃連苦燥除濕，性寒洩降積滯。用治脾受濕氣，洩利不止，米穀遲化，臍腹刺痛，小兒有疳氣下痢，亦能治之，如《太平惠民和劑局方》戊己丸，以本品與吳茱萸、白芍藥配伍，共研細末，面糊為丸，如梧桐子大。每服二十丸，濃煎米飲下，空心日三服。用治婦人熱勞羸瘦，如《太平聖惠方》黃連豬肚丸，以本品與人參、黃芪、鱉甲、柴胡、地骨皮等同用。
2.蛔蟲病，蛔蟲得甘則動。得苦則安，黃連大苦，可以安煙。用治蟈蟲，如《傷寒論》烏梅丸，重用黃連，與烏梅、細辛、黃柏等同用，黃連、黃柏苦能下蛾，又可清洩胃熱，故可用治蛔蟲病。
【用法用量】
1.5～4.5g。研末吞服1～1.5g，日三次。外用適量。炒用能降低寒性，姜汁炙用清胃止嘔，酒炙清上焦火，豬膽汁炒瀉肝膽實火。
【使用注意】
本品大苦大寒，過服久服易傷脾胃，脾胃虛寒者忌用。苦燥傷津，陰虛津傷者慎用。